ولد في مدينة نابلس لعائلة عريقة. والده: حافظ. عمه: عبد الفتاح. ابنا عمه: الشاعران إبراهيم وفدوى.
تلقى قدري طوقان علومه الابتدائية والثانوية في مدرسة النجاح الوطنية في نابلس، وتخرج فيها سنة 1924، وتابع دراسته الجامعية في كلية العلوم في الجامعة الأميركية في بيروت، وتخرّج فيها بحصوله على درجة البكالوريوس في الرياضيات سنة 1929.
بعد عودته من بيروت إلى نابلس، عيّن أستاذاً للرياضيات في مدرسة النجاح، وشرع في التركيز على دراسة العلوم عند العرب، وهو الحقل الذي كان من المُبرّزين العرب القلائل فيه.
بدأ قدري طوقان نشاطه الوطني منذ مطلع الثلاثينيات ضد الاستعمار البريطاني والحركة الصهيونية. وفي سنة 1936، اعتقلته السلطات البريطانية ونفته إلى الحفير في النقب، ثم إلى صرفند جنوب حيفا، لمدة تسعة أشهر، عاد بعدها ليواصل التدريس في مدرسة النجاح التي أصبح فيما بعد مديراً لها.
تميّز قدري طوقان بكونه مثقفاً ملتزماً آمن بواجب المثقفين الفلسطينيين الاضطلاع بدور كبير في مجتمعهم، كي ينشئوا “شباباً مؤمنين عاملين على رفع مستوى البلاد، مثقفين تثقيفاً قومياً وطنياً، يعرفون كيف يخدمون الوطن.”
